依诺肝素钠是由猪肠粘膜提取的肝素钠，经酯化后得到的肝素苄基酯钠衍生物，再通过碱裂解生成的低分子量肝素钠。结构上，由许多复杂的未定性的低聚糖组成。大部分的低聚糖在糖链的非还原末端具有4-烯醇吡喃糖酸，在糖链的还原末端具有1,6-脱水结构占全部糖的15~25%；
依诺肝素钠的重均分子量在3800~5000之间，分子量＜2000的低聚糖质量百分比在12~20%之间，分子量2000~8000的低聚糖质量百分比在68~82%，按干品计每毫克抗Xa因子的效价在90~125IU，抗Xa与抗IIa的比值在3.3~5.3之间；
依诺肝素钠通过与抗凝血酶III（AT-III）结合，催化灭活凝血因子IIa、Xa、IXa、XIa和XIIa，其中，主要通过抑制Xa发挥抗凝作用。